Fu edificata nel 1248 dai minori conventuali sull’esistente monastero ipogeo dei SS. Pietro e Paolo. Durante i secoli subì numerosi cambiamenti, quasi tutti testimoniati all’interno della chiesa. La facciata, in tardo ma dignitoso Barocco, assume questa posizione ortogonale all’originale ingresso in occasione dell’ampliamento della chiesa effettuato nel XVII secolo. Reca nel timpano centrale la statua dell’Immacolata ed ai lati le statue dei SS. Francesco d’Assisi e Antonio da Padova. L’interno rimase pressoché immutato fino al 1670, epoca del più radicale cambiamento voluto da Mons. Lanfranchi. L’unica variazione di rilievo precedente a tale data fu l’aggiunta delle cappelle laterali: quelle di destra (inizio XVI secolo) si crearono riducendo l’aula della chiesa, quelle di sinistra (fine XVI secolo) inglobando parte dell’adiacente chiostro. Furono tutte poste sotto il patronato delle famiglie nobili di Matera, che acquisivano il diritto di porvi le loro tombe (sono oggi ancora visibili). Nonostante il radicale cambiamento in stile Barocco affiorano lacerti di affreschi testimonianti il primitivo aspetto: uno stralcio si nota sulla porta che conduce all’attuale sagrestia, un intero ciclo (XIV) venne recuperato dietro il coro ligneo (XVIII), in occasione della rimozione dello stesso per il restauro; ancora, dietro la pala dell’altare dell’Immacolata, emerse l’affresco di un volto di Madonna. Nella cella campanaria, che reca tracce evidenti dell’originario portale d’ingresso murato, sono visibili affreschi riproducenti: S. Antonio, S. Vito (XIV), S. Rocco (XVI). Vi è anche un sarcofago eretto da Tovarelli.

Alla redazione trecentesca della chiesa appartengono anche le capriate lignee decorate che sostengono il soffitto e che oggi sono celate dal soffitto in laterizi dipinto da Vito Epifania (1934), che a sua volta ha sostituito il soffitto in legno voluto da Mons. Lanfranchi. Notevoli sono i pannelli posti sulla cantoria, attribuiti a Lazzaro Bastiani (1600). Sulla destra vi è ancora il pulpito in legno del 1670. Nella chiesa si conservano splendidi esempi di arte scultorea: nella prima cappella di sinistra un’imponente statua di S. Francesco Glorioso in massiccia pietra policroma (XVI); nella cappella omonima al centro dell’imponente alzata dorata S. Antonio da Padova, anch’esso in pietra policroma (XVI); Nella cappella successiva ancora una statua in pietra policroma (XVI) raffigurante la Madonna col Bambino. Bella la statua in legno di S. Antonio e suggestive le statue dell’Immacolata e dell’Addolorata.

Sotto la chiesa è ancora visitabile l’antica cripta dei SS. PIETRO E PAOLO: faceva parte di un ampio monastero ipogeo sormontato, come molti altri, da una vasta necropoli, venuta alla luce pochi anni orsono durante i lavori di sistemazione di P. ZZA S. FRANCESCO. Con la costruzione della chiesa di S. Francesco la cripta divenne un sepolcreto: solo da pochi anni è stata liberata e resa visitabile. In essa si distinguono due cavità affiancate, sul cui soffitto sono visibili dei cerchi concentrici scavati in funzione di cupole. Nella prima cavità c’è una nicchia con arco parabolico, la seconda termina con una cavità absidale. Notevoli gli affreschi, in non buonissime condizioni a causa dell’umidità dovuta all’ambiente sempre chiuso: nel primo vano S. Vincenzo, nell’abside del secondo Madonna con Bambino in trono, piuttosto malconcia, affiancata dagli Arcangeli Gabriele e Raffaele che, in preziosi abiti, reggono un incensiere. Subito accanto un affresco che secondo la tradizione locale raffigura la visita del Pontefice Urbano II a Matera: oltre al Pontefice sulla sinistra, benedicente con il pastorale a “tau”, sono raffigurati l’Abate Stefano che ospitò il Pontefice nel suo Monastero (S. EUSTACHIO, in rupe, nei pressi della Cattedrale) durante il soggiorno prolungatosi per ben sette mesi, e una Madonna orante.